Jemaah Menteri melalui mesyuarat bertarikh 22 September 2010 telah bersetuju agar Kerangka Kesediaan Autonomi bagi menilai tahap kesediaan IPTA kea rah autonomi dilaksanakan melalui pengauditan yang menggunakan instrument Code of University Good Governance (CUGG) dan University Good Governance Index (UGGI). BPK selaku sekretariat berperanan untuk memastikan penyediaan laporan dan perjalanan audit berjalan lancar. Laporan Penilaian Kendiri Audit Autonomi telah disediakan bersama-sama dengan semua peneraju dan kumpulan editorial yang dilantik. Proses pengauditan yang merangkumi empat (4) komponen utama iaitu Tadbir Urus Institusi, Kewangan, Pengurusan Sumber Manusia dan Tadbir Urus Akademik telah dilaksanakan oleh pihak Perbadanan Produktiviti Malaysia (MPC) pada 3- 5 & 10 Ogos 2011.